《新鬼武者》是继以织田信长为主题的三部曲完结后，另一个新故事的开始。故事叙述统帅幻魔大军纵横战国时代的幻魔王 织田信长，在本能寺被明智左马介消灭之后，原为信长部下的 丰臣秀吉 趁势崛起，在信长死后统一天下，危害世间的幻魔也随著信长的死而销声匿迹。                                    
                               文禄六年（1596 年） 6 月 29 日，天空突然出现了绽放著红色光芒的妖星，已位极人臣的丰臣秀吉性格跟著大变，各地也频繁的发生天灾，久未出现的幻魔也彷彿呼应著纷乱的人心般再度现世。庆长三年（1598 年），秀吉突然下令将全国的樱花全部移植到京都，意图不明。此时出现了一位身著苍蓝色盔甲、手持两把大刀，转战各地讨伐幻魔的年轻武者，由于其勇猛过人，因而被称作“灰烬的苍鬼”。